在“文化大革命”开始后不久，发生一起轰动国内外的重大错案，那就是薄一波、刘澜涛、安子文、杨献珍等人的所谓“六十一人叛徒案”（也叫“三六”大案）。

这些所谓“叛徒”，是指在日寇势力侵犯华北的1936年，被囚禁在国民党北平监狱的那61个中共党员和地下党工作者。其实当年他们是经中共中央批准，在监狱主管当局印好的“反共启事”上签了字而离开监狱，投身抗日斗争的。后来，在邓小平、胡耀邦的干预下，中组部经过彻底调查，最终获得平反。魏敬民在《百年潮》2003年第1期撰文披露了此案平反经过。现摘编如下：

文化大革命开始不久，康生为了整垮刘少奇，把这件事与刘少奇联系起来，作为刘少奇的一个重要罪证。1966年9月16日，康生给毛泽东写信：“最近我找人翻阅了1936年8、9月的北京报纸，从他们所登报的‘反共启事’来看，证明这一决定是完全错误的，是一个反共的决定。”并随信附上1936年有关报纸的影印件。

毛泽东当时并不同意康生的观点。但是，1967年2月3日，毛泽东在会见阿尔巴尼亚国防部长巴卢库时说：“有些过去是共产党被国民党抓住，然后叛变，在报纸上登报反共。那个时候我们不知道他们反共，不知道他们‘履行手续’是一些什么东西。现在一查出来，是拥护国民党、反对共产党。”

周恩来一开始就反对康生一伙这样做，他一再申明，所谓“六十一人叛徒集团”问题中央是清楚的。当红卫兵因1936年出狱问题揪斗中共中央西北局第一书记刘澜涛和吉林省委代理书记赵林时，周恩来以中央复电的形式答复：“这些人的出狱问题，中央是知道的。”

然而，陈伯达、江青、关锋、戚本禹、谢富治等人也到处煽动学校的红卫兵对六十一人中的幸存者进行揪斗迫害。他们对那些不明历史真相的年轻人煽动说，“红卫兵小将查出安子文叛党，这些变节分子叛党的最大组织者就是刘少奇”，“安子文，还有薄一波、刘澜涛，占据了组织部、监委等很多主要部门，权都掌握在他们手里，实行的是资产阶级专政”。康生在军委扩大会上说：北京这六十几个人，只是刘少奇叛党组织路线的一个例子。康生还到安子文担任部长的中央组织部去说：“南开‘八·一八’、北航‘红旗’，他们组织了‘三六’专案抓叛徒的联合调查团，应该向他们学习。”

1967年3月16日，中共中央发布了《关于薄一波、刘澜涛、安子文、杨献珍等人自首叛变问题的初步调查》文件。“文革”结束后，1977年7月，党的十一大恢复了邓小平的领导职务，薄一波等人及其亲属子女申诉要求平反这个重大错案。不久，与“六十一人”密切相关的一封申诉信，经过邓小平、汪东兴的批示转到了中央组织部。

12月31日中午，胡耀邦看到了党中央两位副主席阅批过的这封申诉信。他立即找了几位同志研究并决定：应把这个问题的解决，当作彻底平反“三六”大案的突破口。他对有关人员说，为减少阻力，先不宜声张，要审慎、精细、踏踏实实地调查研究，珍惜每份资料，争分夺秒，争取三个月复查完毕，写上复查结论，在党召开十一届三中全会时拿出来。

中组部同志根据调查写了大量的内容翔实的调查材料，并准备根据这些材料起草给中央的关于“六十一人案件”的复查报告。1978年11月20日，中组部向中央报送了《关于“六十一人案件”的调查报告》，列举了大量事实后说：我们认为，“文革”中提出的所谓薄一波等“六十一人叛徒集团”是不存在的，是一个错案。

1978年12月16日，十一届三中全会召开的前一天，中共中央发布了《中央同意中央组织部〈关于‘六十一人案件’的调查报告〉的通知》，正式为此案平反。