2002年2月提出了公诉后，平顶山市中院分别于2002年7月和2003年1月再次以“部分事实并不清楚，没有全新的证据与事实”为由，决定不再接受审查。

在法院已经拒绝接受审查的情况下，2003年1月16日，平顶山市人民检察院再次将案件退回了公安机会补充侦查，经过有关部门的全方面协调，决定先将李怀亮的案件“降格”处理，由叶县司法机关起诉和审查。

在经过叶县人民法院审查后，于2003年9月19日，一审判定李怀亮有期徒刑15年，剥夺政治权利5年。宣判后，李怀亮与被害人的家属均不服气，向平顶山市中院提起上诉。

2003年12月2日，平顶山市中院经过了审查，还是以“事实不清、证据不足”撤销了叶县人民法院的一审判决，发回叶县人民法院重新审查。

2004年2月13日，叶县人民法院对这件案件进行了再一步的重新审查，但还是没有作出判决。

在这段期间，受害人的母亲杜玉花多次到北京和郑州等地上访，要求将李怀亮案提高审级，严惩“凶手”。

据知情人提供的资料上透露，当时平顶山市中院主管副院长赵某与受害人的母亲签订了“死刑保证书”。材料中写道：“赵明章说，“我曾和杜玉花谈了一天，为了不让她再上访，我表态可以由中院提审，尽量判死刑，如果省高院维持，就行了，如果发回，杜玉花不再上访。当时杜同意了。后来中院判后，杜仍上访。此案确实事实不清，证据不足……看如果判无罪，杜玉花决不会甘心，可能自杀或做出意想不到的事情，这将来是要追究责任的……如退回补查，起码没判无罪，杜玉花还有希望，不致于发生大的意外。”

而在另外的一份材料中则有人写道：“中院赵明章院长为了解决上访问题，与杜玉花达成了协议，判死刑后核准不了她也不再上访，赵院长给我说了，我也同意。”

记者在调查中，受害人母亲杜玉花也回忆了当天写保证书的细节并说：“法官说，给你们提高审级，就不能再上访了。”杜说，她当时回应称，“你给我保证，判李怀亮死刑，给我闺女公平。”

据调查得知，这份保证书签订后不久，李怀亮案再次进行了开庭审查。2004年8月3日，平顶山市中院作出一审判决，以被告人李怀亮犯故意杀人罪判处死刑，剥夺政治权利终身，并赔偿附带民事诉讼原告人经济损失3000元。

宣判后，李怀亮以没有杀人，要求宣告无罪为由，再次提出上诉。2005年1月22日，河南省高院经审理，以原判决认定李怀亮犯故意杀人罪“事实不清、证据不足”为由，撤销原判，将案件发回平顶山市中院重审。

2006年4月11日，平顶山市中院再次作出一审判决，以李怀亮犯故意杀人罪，判处李怀亮死刑，缓期二年执行，剥夺政治权利终身。

2006年9月27日，河南省高院经过审理，仍以“事实不清，证据不足”为由，第二次将该案发回重审。

2007年5月，经平顶山市有关部门协调，该案被退回公安机关“补充侦查”。此后，该案再无开庭消息，李怀亮也一直被羁押在看守所，至今已超过十年。

该案件曝光后，引来了许多网友的集体吐槽，并且对于李怀亮十年牢狱之灾表示十分的同情，同时对于这些签下“死刑保证书”的有关人员以及部门进行了痛恨批评。

2013年4月25日，下午五点半左右，河南省平顶山市中级人民法院不公开审理李怀亮涉嫌故意杀人案，并依法宣判被告人李怀亮无罪，不承担民事赔偿责任，当庭释放。

为了给儿子申冤，李怀亮的母亲2011年5月因劳累过度去世。

河南“死刑保证书案”又有新进展。2013年6月2日，李怀亮的律师王永杰告知记者，李怀亮将于3日向平顶山市中级人民法院提交国家赔偿申请书，共14项总数额为379.67万元。

在这份申请人为李怀亮、被申请人为平顶山市中级人民法院的赔偿申请书有两项赔偿请求。一是被申请人赔偿申请人379.67万元；二是平顶山市公安局、市检察院、中院给申请人消除影响、恢复名誉、赔礼道歉。赔偿主要包括法定赔偿和合理补偿两个部分。

河南消息 据法制晚报报道：“河南死刑保证书”案继李怀亮无罪获释后，又有新进展。17日上午，记者从李怀亮姐姐李爱梅处得知，因被害人家属就民事部分提起上诉，河南省高院决定开审此案，“省高院说具体时间另行通知，但初步定在下周。”李爱梅说。

因检方未抗诉，李怀亮的无罪判决已生效；但就民事部分上诉案二审再开庭，在全国法院系统内还是很少见的。

2013年4月25日，历时12年的李怀亮杀人案以其被宣告无罪暂告一段落，随后被害幼女郭某的父母郭松章和杜玉花上诉至河南省高院，要求判处李怀亮死刑，并赔偿15万余元“不担心，没做过，再开庭就开吧。”听到要再站上法庭，李怀亮显得很淡然。李爱梅表示，16日法官告知下周的二审开庭可能不公开审理，“我要求公开审理，他们答应回去考虑考虑。”王永杰表示，这个案子已多次审理，且以前也曾公开开庭，因此他们要求公开审理。

二审判决

2013年11月01日下午，河南省高院法官对“死刑保证书”一案进行了宣判，终审驳回被害人家属提出的民事赔偿上诉，维持该院作出的一审判决：嫌疑人李怀亮无罪释放，不承担民事赔偿责任。该判决下达后，已经提起5个月的国家赔偿程序也正式启动。